В 2007 году Лихтенеггер принял решение о завершении спортивной карьеры. Причиной ухода из спорта стал положительный анализ на наличие допинга в организме спортсмена. В 2003 году легкоатлет также был отстранен на 15 месяцев за употребление нандролона, который входит в список запрещенных веществ, утвержденный Международным олимпийским комитетом (МОК).
Лихтенеггер имеет право обжаловать решение Федерации легкой атлетики в арбитражном отделе Антидопингового агентства Австрии. Однако спортсмен заявил, что не будет просить о пересмотре результатов анализа, поскольку не собирается возобновлять спортивную деятельность. Сам легкоатлет не признает факт употребления допинга и ссылается на то, что на результат теста могли повлиять пищевые добавки, которые он употреблял.
На чемпионате мира по легкой атлетике 2002 года, проходившем в Австрии, Элмар Лихтенеггер завоевал серебряную награду в беге на 60 метров с барьерами.